A Santa Casa da Misericórdia de Thomar (SCMT) foi instituída por El Rei D. Manuel I por Alvará de 8 de Dezembro de 1510, sendo-lhes anexados o Hospital da Nª Srª da Graça e a Gafaria de Santo André e as Confrarias de Santa Cruz e Santa Maria, com os seus respectivos bens e encargos. O seu primeiro Provedor e administrador do seu hospital foi o Vigário Frei D. Diogo Pinheiro. Função actual, desempenhada pelo Sr. António Manuel Freitas Alexandre.

A SCMT trata-se de uma associação de fiéis, constituída na ordem jurídica canónica, com o objectivo de satisfazer carências sociais e praticar actos de culto católico, de harmonia com o seu espírito tradicional, informando pelos princípios da doutrina e moral cristãs. Ainda de referir que a SCMT adquire personalidade civil e está reconhecida como instituição Privada de Solidariedade Social, mediante participação escrita da sua erecção canónica, feita pelo Ordinário Diocesano aos serviços competentes ao Estado.

No campo social, exerce a sua acção da prática das catorze obras de Misericórdia, sob a invocação de Nª. Sra. da Graça, que é a sua padroeira, mantém culto divino na suas Igrejas e exerce as actividades que constarem neste compromisso e as que vierem a ser consideradas convenientes.